Город был оккупирован гитлеровцами с 15 августа 1941 по 20 января 1944 г. Все это время он находился в непосредственной близости от линии фронта.
В августе 1941 г. город подвергся ожесточенной бомбардировке люфтваффе. Сильно пострадал центр города. Получил повреждения и Софийский собор.
13 августа 1941 г. передовые подразделения немецких частей оказались в непосредственной близости от Новгорода. После нескольких дней боев 19 августа 1941 г. советские части отошли за реку Малый Волховец.
В течение вражеской оккупации в городе размещались части Вермахта, испанской «Голубой дивизии», а также эстонские и латышские воинские формирования.
В период оккупации в Н. функционировали городская управа, церкви, больница, полиция.
Первой, в занятом немцами городе, была создана городская управа. Ее организаторами в августе 1941 г. явились Борис Филистинский, Василий Пономарёв, Александр Егунов и Фёдор Морозов. Все они в 30-х годах подвергались различным репрессиям со стороны Советской власти.
Первым бургомистром города был назначен Василий Пономарев. Располагалась управа в бывшем железнодорожном клубе им. В.И.Ленина.
В первые недели существования Новгородской городской управы Пономарев и его помощники занялись подбором и наймом служащих управы, самостоятельно изыскивали средства для их содержания. Эта проблема была решена путём установления квартплаты и открытия столовой.
С осени 1941 г. были введены налоги: подоходный, с двора и за содержание домашних животных. Каждый владелец коровы должен был сдать в месяц 30 литров молока
Каждое утро городской голова был обязан ходить к немецкому коменданту и докладывать обо всех городских делах, о настроениях среди населения. Полученные от немецких властей распоряжения затем доводились до остальных членов управы.
В сентябре 1941 г. в городе начались восстановительные работы. Они были направлены в первую очередь на обустройство германских частей. Кроме этого к первоочередным объектам были отнесены тюрьма и Софийский собор. Работы эти проводились силами советских граждан, насильно согнанными полицейскими.
В начале ноября 1941 г. в русской городской администрации состоялось собрание, на котором выступил с речью немецкий городской комендант и предложил реорганизовать полицию, подчинив её непосредственно оккупационным властям. Полицейские должны были усилить несение службы по обеспечению безопасности германских войск, расположенных в городе, т. е. вести борьбу с нежелательными немцам лицами.
Первое время полиция располагалась в подвалах городской управы, а потом переехала в дом культуры и там же была образована тюрьма. В тюрьме находились арестованные советские граждане: коммунисты и советский актив. Кроме того, там сидели люди, замеченные в воровстве, а также отказывавшиеся работать на немцев.
Начальник полиции имел право на разрешение обыска и ареста и без такой санкции никого из горожан не имели права арестовывать и отправлять в тюрьму. В самом городе русская полиция функционировала только на Софийской стороне. На Торговую сторону их деятельность не распространялась, так как она полностью находилась в управлении немцев.
В городе широко распространялись (в 1941 году бесплатно, затем в принудительном порядке платно) нацистские газеты на русском языке, издававшиеся в Дно, Пскове и Прибалтике: «Правда», «Северное слово», «За Родину» и целый ряд журналов.
Кроме периодической печати населению раздавались книги и брошюры об особых отношениях средневекового Новгорода, как члена Ганзейского союза и Германии.
В этой печатной продукции проводилась мысль о том, что новгородцы были по-настоящему счастливы и богаты лишь тогда, когда тесно сотрудничали с представителями германских городов, о благотворном влиянии германской культуры.
В Новгородском храме Михаила Архангела была возобновлена служба, а в Новгородском районе вновь открылись восемь православных церквей.
В ноябре 1941 г. Пономарева на посту бургомистра сменил Федор Морозов. Практически весь первый состав управы был уволен. Оставшиеся не у дел коллаборационисты, недовольные своей отставкой, написали на имя немецкого военного коменданта заявление. В нем они обвиняли Морозова и его окружение в злоупотреблении служебным положением, незаконным обогащением и разложением в быту. 17 декабря 1941 г. Морозова убил испанский солдат из «Голубой дивизии».
Трагически сложилась во время оккупации судьба Колмовской больницы. Зимой 1941 – 1942 года были умерщвлены смертельной дозой скополамина пациенты с тяжелыми заболеваниями.
Для свалки трупов немцы взорвали 5 ям. Всего в больнице от голода умерло более 850 человек военнопленных и мирного населения, находившегося на излечении
Третьим бургомистром Новгорода стал Дионисий Джиованни. На этой должности он пробыл до апреля 1943 года.
Новгородская городская управа с декабря 1941 г. располагалась на станции Болотная. Сменилось и ее название. Теперь она стала называться Новгородской районной управой. Большинство жителей Новгорода тогда же были эвакуированы из города, так как ожидалось наступление Красной Армии. Летом 1942 года часть горожан вернулась. Немцы не препятствовали тем, чьи дома находились на Софийской стороне.
Последним бургомистром Новгорода стал Николай Павлович Иванов (апрель - ноябрь 1943 г.).
Летом 1943 года все новгородцы получили немецкие паспорта.
Одной из первоочередных задач, поставленных оккупантами перед городской управой, было поддержание в порядке дороги Новгород-Ленинград. Были составлены списки жителей, которые постоянно направлялись на дорожные работы. Люди разбивались на бригады, а бригадиры отчитывались о проделанной работе непосредственно перед немцами. Тех же, кто уклонялся от работ, бургомистр имел право отводить в комендатуру и сажать под арест.
В ноябре 1943 года все население было выселено за линию немецкой обороны «Пантера» – в Прибалтику.
Нацистская оккупация один из самых страшных периодов в истории Н. За это время многие исторические памятники оказались безвозвратно потерянными.